Zunächst wurde Ulrich Paetzholdt als Chordirektor am Stadttheater Heidelberg engagiert. Danach bekleidete er diese Position bis Ende der neunziger Jahre in Osnabrück. Von 2000 bis 2007 wirkte Ulrich Paetzholdt, noch von Götz Friedrich berufen, als 1. Chordirektor an der Deutschen Oper Berlin, wo er sich beim Einstudieren von Werken des 20. Jahrhunderts hervortat (Luigi Nonos »Intolleranza«, Olivier Messians »Saint François«, Isabel Mundrys »Odyssee«), aber auch den gesamten Bayreuth-Wagner mit Christian Thielemann musikalisch erfolgreich betreute. Von 2007 bis August 2009 war er Chordirektor der Semperoper Dresden. Seitdem arbeitet er als freier Chordirigent, gastierender Chordirektor, Liedbegleiter und Korrepetitor.