Während seines PostDoc-Aufenthalts am Max-Planck-Institut für Neurobiologie, Abteilung Neuroimmunologie, München-Martinsried (2000-2003) hat sich Prof. Dr. med. Tjalf Ziemssen intensiv mit neuroimmunologischen Fragestellungen auseinandergesetzt, wobei tierexperimentelle als auch klinisch-humane Forschungsansätze verfolgt wurden. Nach seiner Rückkehr nach Dresden im Jahre 2004 baute er das neuroimmunologische Labor (NIL) auf, in dem tierexperimentell, molekularbiologisch und zellkultur-immunologisch gearbeitet wird. Zwei Jahre später (2006) gründete Ziemssen das Multiple-Sklerose-Zentrum am Universitätsklinikum in Dresden. Seit Anfang 2020 ist Prof. Dr. Ziemssen wissenschaftlicher Leiter des Masterstudiengangs Multiple Sklerose Managements, welcher Ärzte, Apotheker, Therapeuten, Wissenschaftler oder Pflegepersonal zu MS-Spezialisten ausbildet.