Josef E. Köpplinger wurde in Niederösterreich geboren. Er studierte an der Hochschule für Musik und Darstellende Kunst in Wien und besuchte Seminare in New York und London. Ein erstes Festengagement erhielt er durch Marietheres List an die Städtischen Bühnen Regensburg. Seine Regiekarriere führte ihn von Wien über Deutschland in die Schweiz, nach Frankreich, England, Amerika und Japan. Sein Repertoire umfasst alle Sparten von Schauspiel über Oper bis zu Operette und Musical. Für das Musicalfestival Schloss Prugg/NÖ wurde er zum jüngsten Intendanten Österreichs berufen. 2004–2007 war er Schauspieldirektor am Theater in St. Gallen. 2005 konnte er den Stückewettbewerb St. Galler Autorentage ins Leben rufen, außerdem begründete er die St. Galler Festspiele mit. 2007–2012 war Josef E. Köpplinger Intendant des Stadttheaters Klagenfurt. Dort gründete er 2009 den »Mut-Wettbewerb für musikalisches Unterhaltungstheater« und inszenierte u. a. die Uraufführungen von Peter Turrinis »Silvester« und von der verschollenen Cherubini-Oper »Koukourgi«, die von 3Sat live übertragen wurde. Gastregien waren u. a.: »Show Boat« (Opéra national du Rhin), »Der tollste Tag« (Volkstheater Wien), »Gräfin Mariza« und »Der Opernball« am Gärtnerplatztheater, »Il barbiere di Siviglia« (National Opera Tokyo und Gran Teatre del Liceu), Kienzls »Evangelimann« (Volksoper Wien), die Deutsche Erstaufführung von Hans Werner Henzes »L’Upupa« (Hamburgische Staatsoper), »Les Misérables«, »West Side Story« und »Le nozze di Figaro« an der Grazer Oper, »Hello, Dolly!« (Volksoper Wien), Schnitzlers »Das weite Land« (Theater in der Josefstadt Wien), »La traviata« (Aalto-Theater Essen) und »Der Gockel« (Theater in der Josefstadt Wien) sowie »Ein Maskenball» und Gottfried von Einems »Dantons Tod« an der Wiener Staatsoper und »Der Rosenkavalier« an der Oper Bonn. Mit der Spielzeit 2012/13 hat Josef E. Köpplinger die Intendanz des Gärtnerplatztheaters übernommen und inszenierte hier seitdem u. a. »Im weißen Rössl«, »Anything Goes«, die Uraufführung von Friedrich Cerhas Oper »Onkel Präsident«, »Der Mann von La Mancha«, die kontinentale Erstaufführung von »Tschitti Tschitti Bäng Bäng«, »Die Zirkusprinzessin«, »Cinderella«, die Musical-Uraufführung »Gefährliche Liebschaften« von Marc Schubring und Wolfgang Adenberg, »Singinʼ in the Rain«, »Das Lächeln einer Sommernacht«, »Viktoria und ihr Husar« und die Uraufführung von Johanna Doderers Oper »Liliom« für die er gleichfalls als Librettist verantwortlich zeichnete. 2012 zeichnete ihn die Münchner Presse mit dem »AZ-Stern des Jahres« und sein Team mit dem »tz-Rosenstrauß« aus, 2013 wurde Josef E. Köpplinger der Kulturpreis Bayern verliehen. 2014 folgte ein weiterer »AZ-Stern des Jahres« für seine Inszenierung von »Die Zirkusprinzessin«. In der Saison 2019/20 inszeniert er »Die Großherzogin von Gerolstein« an der Semperoper in Dresden.