Geboren in Lembach/Oberösterreich studierte Manfred Mayrhofer am Linzer Brucknerkonservatorium und bei Prof. Hans Swarowsky an der Musikuniversität Wien. 1970 bis 1973 war er Chordirektor und Kapellmeister am Stadttheater Klagenfurt, 1973 bis 1976 Studienleiter und 2. Kapellmeister am Theater Heidelberg, 1976 bis 1985 1. Kapellmeister am Musiktheater im Revier Gelsenkirchen, 1985 bis 1992 Opernchef am Landestheater und Chefdirigent beim Brucknerorchester in Linz, 1992 bis 1996 ständiger Gastdirigent an der Volksoper Wien sowie 1996 bis 2000 ständiger Gastdirigent an der Oper der Stadt Köln. Gastdirigate führten ihn auch nach Hamburg, Stuttgart, Berlin, Oslo, Dresden, Düsseldorf, Philadelphia sowie an die Opernhäuser in Bonn, Wiesbaden, Mannheim und Braunschweig. Schwerpunkte seiner Dirigententätigkeit sind große Werke der Chorliteratur, der Wiener Klassik und Werke von Anton Bruckner, Gustav Mahler sowie Johann Strauß und Richard Strauss. An der Semperoper dirigierte er bisher »Die lustige Witwe« und »Die Fledermaus«.