Aufgewachsen in Frankfurt am Main, erhielt Sebastian Engel seinen ersten Klavierunterricht im Alter von fünf Jahren. Erste Musiktheatererfahrungen sammelte er als Mitglied im Kinderchor der Oper Frankfurt. Von 2002 bis 2009 setzte er seine pianistische Ausbildung an Dr. Hoch’s Konservatorium in Frankfurt bei Susanne Michel fort. Nach dem Abitur folgte ein Musikstudium im Hauptfach Opernkorrepetition bei Hans-Christian Steinhöfel an der Musikhochschule Franz Liszt in Weimar. Von 2012 bis 2015 war Sebastian Engel am Deutschen Nationaltheater Weimar als Solorepetitor tätig, bevor er in gleicher Position an die Sächsische Staatsoper Dresden wechselte.