Jochen Biganzoli studierte Theater- und Musikwissenschaft an der Universität Erlangen-Nürnberg und war als Regieassistent am Badischen Staatstheater Karlsruhe und am Theater Bremen engagiert, wo er u.a. mit Regisseuren wie Christoph Loy, Jürgen Gosch und Peter Konwitschny arbeitete. Daneben unterrichtete er an der Hochschule für Künste in Bremen. Nach ersten Inszenierungen in Bremen wurde er Oberspielleiter des Musiktheaters am Kleist-Theater Frankfurt (Oder). Seit 1999 ist Jochen Biganzoli freiberuflich tätig. Er inszenierte u.a. »Così fan tutte« und »Die Zauberflöte« am Stadttheater Pforzheim, »Les Contes d'Hoffmann« am Theater Altenburg/Gera, »Der Freischütz«, »Fidelio« und »Rusalka« am Landestheater Detmold, »Orpheus in der Unterwelt« am Theater Augsburg, das Musical »Jesus Christ Superstar« am Schleswig-Holsteinischen Landestheater sowie »Simon Boccanegra«, »Simplicius Simplicissimus« und Paul Hindemiths Einakter »Mörder, Hoffnung der Frauen«, »Das Nusch-Nuschi« und »Sancta Susanna« am Theater Osnabrück, wofür er sowohl in der Kritikerumfrage der Fachzeitschrift Opernwelt für die »Aufführung des Jahres« nominiert war als auch in der Autorenumfrage der Zeitschrift Die Deutsche Bühne genannt wurde. Eine Neueinstudierung von Peter Konwitschnys »Lohengrin«-Inszenierung führte ihn nach Kopenhagen und Barcelona. Mit den Produktionen »Das Land des Lächelns«, »Luisa Miller«, »La bohème«, »Der Rosenkavalier« und »Faust/Margarethe« wurde er zum prägenden Regisseur am Landestheater Eisenach. Im Juni 2010 eröffnete Jochen Biganzoli die Schumann-Tage der Stadt Zwickau anlässlich des 200. Geburtstages von Robert Schumann mit seiner Inszenierung der selten gespielten Oper »Genoveva«. Anlässlich des 50-jährigen Jubiläums der Oper Leipzig inszenierte er im Oktober 2010 »Die Meistersinger von Nürnberg«. Beide Produktionen wurden in der Kritikerumfrage der Opernwelt nominiert. Im September 2013 debütierte Jochen Biganzoli an der Hamburgischen Staatsoper und inszenierte dort »Der Meister und Margarita« von York Höller. Für diese Inszenierung wurde er mit dem Rolf-Mares-Preis 2014 der Hamburger Theater geehrt. Nach »Lady Macbeth von Mzensk« am Theater in Lübeck gibt er in der Saison 2015/16 an der Semperoper in Dresden mit Paul Hindemiths »Mathis der Maler« sein Debüt.