Der in Bern geborene Dirigent studierte in seiner Heimatstadt und an der Folkwang Hochschule Essen Klavier, Horn, Komposition und Dirigieren. Noch während der Studienzeit gründete er das Ensemble für Neue Musik Essen und trat als Pianist international in Erscheinung. Nach Stationen in Mainz, Augsburg und Mannheim, letztere als 1. Kapellmeister, war er seit der Spielzeit 2001/02 bis zum Ende der Jahres 2008 Generalmusikdirektor am Staatstheater Darmstadt. Erfolgreiche Teilnahmen an Dirigierwettbewerben (Besancon 1990 und Malko 1992 in Kopenhagen) führten früh zu Konzertverpflichtungen im In- und Ausland. So gastierte Blunier u.a. bei nahezu allen deutschen Rundfunkorchestern, Gewandhausorchester Leipzig, Stuttgarter Philharmoniker, Staatsphilharmonie Ludwigshafen, Duisburger Sinfoniker sowie bei vielen Orchestern in Dänemark, Belgien, Italien, Korea, der Schweiz und Frankreich. Im Bereich der Oper war er an den Opernhäusern in München, Hamburg, Leipzig, Stuttgart und Berlin (Komische Oper und Deutsche Oper) sowie in Montpellier, Oslo und Bern verpflichtet. Seit Januar 2009 hat Stefan Blunier die Position des Generalmusikdirektors der Stadt Bonn inne. Er wurde somit gleichzeitig Chefdirigent des Beethoven Orchester Bonn und der Oper Bonn. Außerdem ist er mit der Saison 2010/11 für die kommenden drei Jahre zum ersten ständigen Gastdirigenten des Orchestre National de Belgique/Brüssel ernannt worden. An der Semperoper Dresden debütiert er mit der Leitung von »Tannhäuser«.